Der Tod des Apostolischen Nuntius Cesare Orsenigo (1873–1946) in Eichstätt im Jahre 1946 stand zugleich am Ende des Zweiten Weltkrieges und damit am Ende einer einschneidenden Epoche der deutschen Geschichte. Als Geschäftsträger der Nuntiatur fungierte Monsignore Carlo Colli. Mit seinem Tode am 1. Februar 1947 war die Nuntiatur vakant.
Weil es keine Regierung in Deutschland gab, aber der Heilige Stuhl dennoch diplomatische Beziehungen aufrechterhalten wollte, entsandte Papst Pius XII. am 21. Oktober 1946 den US-amerikanischen Bischof Aloysius Muench (1889–1962) zum Apostolischen Visitator und Leiter der Päpstlichen Mission für die Flüchtlinge in Deutschland mit Sitz in Kronberg im Taunus. Muench war auch Militärseelsorger der amerikanischen Truppen in Deutschland. Mit Gründung der Bundesrepublik Deutschland am 7. September 1949 wurde Muench am 21. Oktober 1949 zum Verweser der Apostolischen Nuntiatur ernannt.
Nach einer Revision des Besatzungsrechts 1951 begann die junge Bundesrepublik Deutschland, eigene außenpolitische Beziehungen zu betreiben, und so verlegte der Heilige Stuhl bereits am 12. März 1951 den Sitz der Apostolischen Nuntiatur nach Bad Godesberg. Schon am 9. März 1951 wurde Erzbischof Aloysius Muench „Apostolischer Nuntius in Deutschland und für das deutsche Volk“, wie es im Beglaubigungsschreiben hieß; damit waren die DDR und die besetzten Gebiete einbezogen. Erst 1959 wurde er abgelöst von Erzbischof Corrado Bafile (1903–2005).
Bafile galt als konservativ. Er hatte 1973 Kardinalstaatssekretär Jean Villot – ohne vorherige Rücksprache mit den Betroffenen – empfohlen, den Limburger Bischof Wilhelm Kempf zum Rücktritt zu bewegen. In der Bistumszeitung von Limburg hatte es geheißen, dass Bischof Kempf einen ehemals altkatholischen und nun römisch-katholischen und verheirateten Priester eine Pfarrei überantworten wollte. Das Schreiben des Nuntius wurde durch einen Kurienmitarbeiter Kempf übermittelt, der sich daraufhin an die Bischofskonferenz gewandt hatte. Bafile hatte sich später bei Kempf für sein Vorgehen entschuldigt, zumal er offenbar falsch informiert war. Die „Bafile-Affäre“ und die „Würzburger Synode“ (1971–1975) waren der sichtbare Ausdruck des Beginns einer Spaltung der Katholiken in Deutschland.
1975 wurde Bafile von Guido del Mestri (1911–1993) abgelöst, der unter anderem in Mexiko, Kenia und Kanada war, bevor er Nuntius in der Bundesrepublik wurde. Neun Jahre wirkte del Mestri in Deutschland. Er hatte 1977 Joseph Ratzinger zum Erzbischof von München-Freising vorgeschlagen und in der nachkonziliaren Zeit sehr umsichtig Reformentwicklungen in Deutschland begleitet.
Wie alle Nuntien, die von ihrem Selbstverständnis her die Vertreter des Papstes sind, wurde auch del Mestri als konservativer Vertreter in Deutschland wahrgenommen, zumal in seiner Amtszeit die Auseinandersetzungen um Hans Küng mit dem Entzug der kirchlichen Lehrbefugnis 1979 endeten, die eine ungeahnte Aufmerksamkeit in den Medien erhielten. Noch von Papst Paul VI. zum Nuntius ernannt, hatte er von Deutschland aus die Anfangsjahre von Papst Johannes Paul II. begleitet und unter anderem dessen ersten Besuch in Deutschland im November 1980 vorbereitet und begleitet.
Vorbereitung der Papst-Reisen
Johannes Paul II. ernannte 1984 Josip Uhac zum Apostolischen Nuntius in Deutschland. Er bereitete 1987 die zweite Deutschlandreise von Papst Johannes Paul II. vor, auf der in Köln und. in München die Seligsprechungen von Edith Stein und Pater Rupert Mayer erfolgten. Uhac war gebürtig aus Kroatien und bis Juni 1991 Nuntius in Bonn. In seiner Amtszeit wurde mit dem Beitritt der Länder in der DDR zum Geltungsbereich des Grundgesetzes die deutsche Einigung vollzogen. Vor allem sein Nachfolger Lajos Kada (1924–2001) aus Ungarn, seit 1995 Nuntius in Deutschland, hatte die geografische Neuordnung der katholischen Bistümer nach der deutschen Einigung in Konkordaten verbindlich vereinbart. Symbolisch wurde gleich zu Beginn der Bischof von Berlin, Georg Sterzinsky, zum Kardinal erhoben, noch bevor Berlin Erzbistum wurde.
Kadas Nachfolger in Deutschland wurde 1995 mit Giovanni Lajolo (geboren 1935) wieder ein Italiener. In seine Amtszeit, die 2003 endete, fiel 1999 der Umzug von Bundestag und Bundesregierung von Bonn nach Berlin und in dessen Folge 2001 auch der Umzug der Apostolischen Nuntiatur von Godesberg an die Bezirksgrenze von Kreuzberg und Neukölln in Berlin. Der von ihm vorbereitete dritte Deutschlandbesuch von Johannes Paul II. 1996 stand vor allem im Zeichen der vollzogenen deutschen Einheit (mit einem Gang durch das Brandenburger Tor) und der Seligsprechung von Bernhard Lichtenberg und Karl Leisner in Berlin.

2003 war mit Erwin Josef Ender (1937–2022) aus dem Bistum Münster erstmals ein Deutscher Nuntius in der Bundesrepublik. Er war seit 1970 im diplomatischen Dienst im Staatssekretariat im Vatikan tätig und unter anderem im Sudan, der Region Rotes Meer und in Somalia tätig. Ferner war er in Litauen, Lettland, Estland sowie in der Tschechischen Republik tätig, bevor er nach Deutschland versetzt worden war. Von Anfang an standen die Vorbereitungen des Weltjugendkongresses in Köln auf seiner Agenda, von dem auch für den deutschen Katholizismus schließlich ein bedeutender geistlicher Impuls ausging. Als 2005 Johannes Paul II. starb und Joseph Ratzinger zum Papst gewählt worden war, führte Papst Benedikts XVI. erste Auslandsreise nach Köln.
Papst Benedikt XVI. ernannte 2007 den Schweizer Jean-Claude Périsset zum Apostolischen Nuntius in Deutschland. Périsset blieb bis 2013 Nuntius. Höhepunkt in seiner Amtszeit war der Besuch des Papstes in Berlin, Regensburg und Freiburg 2011.
Nuntius Eterovic amtierte 13 Jahre
Seit 2013 war Nikola Eterovic aus Kroatien zum Nuntius in Deutschland ernannt worden. Er war zuvor Generalsekretär der Bischofssynode in Rom. Die längste Amtszeit in Deutschland hatte Nuntius Cesare Orsenigo mit 16, gefolgt von Bafile mit 15 Jahren. Eterovic blieb 13 Jahre. Diese waren geprägt von der Aufarbeitung des Missbrauchs in der Kirche sowie den scharfen Auseinandersetzungen um den von der Deutschen Bischofskonferenz mitinitiierten „Synodalen Weg“, der nach Auffassung des Heiligen Stuhls die Einheit der Kirche in Deutschland gefährdet.
Der Lockdown zur Bekämpfung der Corona-Pandemie überschattete die von Eterovic vorbereiteten Feierlichkeiten zum 100-jährigen Jubiläum der diplomatischen Beziehungen zwischen dem Heiligen Stuhl und Deutschland (1920–2020), zu denen eigens Kardinalstaatssekretär Pietro Parolin angereist war.
Der Autor ist Historiker und Experte für die Nuntiaturgeschichte.
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