Im Jahre 1863 – noch im alten Kirchenstaat, der 1870 sein Ende fand – hatte man in Rom mit dem Bau eines Zentralbahnhofs bei den Thermen des Diokletian begonnen. Die Eisenbahnstation wurde dort errichtet, wo sich zuvor die Villa Massimo-Montalto befunden hatte.
Das Gebäude stammte aus dem Jahre 1570 und hatte Kardinal Felice Peretti, der als Sixtus V. von 1585 bis 1590 die Geschicke der Kirche leiten sollte, als Wohnsitz gedient. Die Villa und das dazugehörige Terrain gehörten im neunzehnten Jahrhundert dem Fürsten Massimo; sie wurden von der Regierung des Kirchenstaates für 62 485,40 römische Scudi erworben.
Der erste Bau machte keinen guten Eindruck. Alles, auch die Rampen zum und im Bahnhof waren aus Holz. Die Römer sprachen spöttisch von einem „baraccone“, einer großen Baracke.
Der Papst, es war der selige Pius IX. (1846–1878), griff ein und verlangte ein repräsentatives Gebäude. 1869 gab er seine Zustimmung für einen Entwurf des Achitekten Salvatore Bianchi: „Bravo, bravo! ... Sie werden ihn zum Bahnhof der Hauptstadt Italiens machen!“ Der Ausspruch des Heiligen Vaters sollte sich bewahrheiten – aber nicht mehr im alten Kirchenstaat, sondern im neu geschaffenen Königreich Italien. Der erste und einzige Papst, der die Stazione Termini für seine Bahnfahrten nutzte, blieb Pius IX.
1938, kurz vor dem Ausbruch des Zweiten Weltkrieges, wurde ein Neubau des Bahnhofs nach Entwürfen von Angiolo Mazzoni in Angriff genommen. Durch den Eintritt Italiens in den Weltkrieg fanden die Arbeiten, die man im Stil des faschistischen Rationalismus ausführte, eine Unterbrechung. Die imposante Empfangshalle des Bahnhofs wurde erst nach dem Krieg in völlig anderer architektonischer Konzeption, die auf die bekannte Architektengruppe (Leo Calini, Massimo Castellazzi, Vasco Fadigati, Eugenio Montuori, Achille Pintonello, Annibale Vitellozzi) zurückging, fertiggestellt.
Das Heilige Jahr 2000 brachte dann umfangreiche Modernisierungsmaßnahmen. Seit dem 22. Dezember heißt der römische Hauptbahnhof offiziell „Stazione Termini – Giovanni Paolo II“. Eine Umbenennung der Stazione Termini war schon kurz nach dem Tod Johannes Pauls II. angeregt worden.
