Beim umstrittenen Luftangriff der Bundeswehr in Kundus war er noch nicht im Amt, doch entließ er kurzerhand zwei wichtige Beamte, die ihm bei Amtsantritt angeblich Informationen dazu vorenthalten hätten. Ein Verteidigungsminister kann sich jederzeit von politischen Beamten und Generalen trennen, denen er nicht mehr vertraut. Nun rudert Verteidigungsminister zu Guttenberg zurück. Er habe ihnen nie vorsätzliches Handeln unterstellt. Im Kundus-Untersuchungsausschuss wiesen der frühere Generalinspekteur Schneiderhan und der ebenfalls entlassene Staatssekretär Wichert den Vorwurf zurück, sie hätten Guttenberg nicht korrekt über die Umstände des Luftangriffs informiert.
